Im Japan der Keio-Ära träumt der junge Kū Bashin davon, durch Standard Battle Spirits stärker zu werden. Als er dem herrenlosen Samurai Araja Zetsu begegnet, der von shogunatsfeindlichen Kräften verfolgt wird, schließt er sich ihm an und begibt sich auf eine Reise, die Geschichte schreiben soll.